Kedudukan Pengadilan Pajak ditegaskan dalam Penjelasan Pasal 9A Undang-Undang Nomor 9 Tahun 2004 Tentang Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1986 Tentang Peradilan Tata Usaha Negara. Maksud dari ”pengkhususan” adalah spesialisasi di lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara, misalnya Pengadilan Pajak dan juga ditegaskan dalam Pasal 27 Ayat (2) UU KUP, yaitu putusan Pengadilan Pajak yang merupakan putusan pengadilan khusus di lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara.