Perselisihan dalam perbankan syariah menjadi kewenangan dari Pengadilan Agama sebagaimana ketentuan dalam Pasal 49 UU Peradilan Agama. Hal tersebut juga selaras dengan ketentuan dalam Pasal 55 ayat (1) Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2008 tentang Perbankan Syariah yang menyatakan bahwa penyelesaian sengketa perbankan syariah dilakukan oleh pengadilan dalam lingkungan Peradilan Agama. Hal ini berbeda dengan penyelesaian perselisihan pada perbankan konvensional yang kewenangan penyelesaiannya berada dibawah Pengadilan Negeri.